Opis
Spis treści:
Przedmowa 6
1. Wstęp 7
1.1 Modelowanie Komputerowe 7
1.2 Opis atomów, cząsteczek – czyli rzeczywistość w ujęciu teoretycznym 8
1.3 Programy chemiczne 11
1.3.1 Gaussian 12
1.3.1 HyperChem 14
2 OPISY PROGRAMÓW SŁUŻĄCYCH DO OBLICZEŃ 15
2.1. GAUSSIAN 15
2.1.1 Przygotowanie obliczeń z wykorzystaniem programu GaussView 16
2.1.1.1 Konstruowanie cząsteczek 16
2.1.1.2 Wybór pierwiastka 17
2.1.1.3 Wybór fragmentu 18
2.1.1.4 Wybór grupy 18
2.1.1.5 Dodawanie pojedynczych aminokwasów lub nukleotydów 18
2.1.1.6 Dodawanie oraz edycja własnych fragmentów cząsteczek do biblioteki 18
2.1.1.7 Opcja „HOT” Atom 19
2.1.1.8 Ustawienia opcji wyświetlania i obracanie cząsteczki 20
2.1.1.10 Modyfikacja długości wiązań, kątów, oraz kątów dwuściennych 21
2.1.1.10.1 Zmiana odległości między atomami 21
2.1.1.10.2 Zmiana kąta między atomami 22
2.1.1.10.3 Zmiana kąta dwuściennego 22
2.1.1.11 Usuwanie atomów oraz dodawanie atomów wodoru 23
2.1.1.12 Ustawianie ładunku cząsteczki –kationy, aniony 23
2.1.1.13 Ustawienia parametrów obliczeń 23
2.1.1.14 Zapisywanie pliku do obliczeń 24
2.1.2 Struktura pliku wsadowego do Gaussiana (.gjf, .inp, .com) 24
2.1.3 Uruchamianie obliczeń 29
2.1.3.1 Uruchamianie obliczeń pod systemem Windows 30
2.1.3.2 Uruchamianie obliczeń pod systemami z rodziny Unix, Linux 30
2.1.3.3 Uruchamianie obliczeń w Centrach Obliczeniowych, ustawianie zmiennych. 31
2.1.4 Wznowienie obliczeń lub nowe obliczenia na bazie starych obliczeń 33
2.1.5 Kilka obliczeń w jednym pliku – Multi step Jobs 33
2.1.6 Przenoszenie obliczeń między różnymi systemami 34
2.1.7 Struktura pliku wynikowego Gaussiana (.log, .out) 35
2.2 HYPERCHEM 36
2.2.1 Przygotowanie obliczeń 36
2.2.1.2 Konstruowanie cząsteczek 37
2.2.1.3 Wybór pierwiastka 37
2.2.1.4 „Standaryzacja” cząsteczki 38
2.2.1.5 Tworzenie struktur o niestandardowej liczbie wiązań, ustawianie ładunku 39
2.2.1.6 Wybór elementu 40
2.2.2 Zaznaczanie atomów, wiązań, kątów, cząsteczek 41
2.2.3 Zmiana długości wiązania, kątów, kątów dwuściennych 42
2.2.4 Przesuwanie cząsteczek 42
3
2.2.5 Zapisywanie struktury 43
2.2.6 Zmiana sposobu wyświetlania cząsteczek 43
2.2.7 Przyprowadzanie obliczeń 44
2.2.8 Zapisywanie poszczególnych etapów obliczeń 44
3. TEORIA I PRAKTYKA 45
3.1 Co widzimy na modelu cząsteczki? 45
3.2 Energia – Geometria – Optymalizacja 45
3.2.1 Geometria – Energia – Optymalizacja -Przygotowanie obliczeń i interpretacja
wyników 49
3.2.1 Przygotowanie obliczeń – Gaussian 49
3.3.2 Interpretacja obliczeń – Gaussian 50
3.3.3 Przygotowanie i interpretacja obliczeń – HyperChem 52
ĆWICZENIA
Ćwiczenie 1
Konstruowanie cząsteczek. 54
Ćwiczenie 2
Macierz-Z. 55
Ćwiczenie 3
Analiza konformacyjna 1,3-difluoropropanu. 56
Ćwiczenie 4
„Nano-ludziki – bardziej rzeczywisty kształt”. 57
Ćwiczenie 5
Przestrzenna budowa związków organicznych. 58
Ćwiczenie 6
Ustalanie bezwzględnej konfiguracji R, S na podstawie wzorów przestrzennych. 59
Ćwiczenie 7
Badanie struktury przestrzennej hemoglobiny – posługiwanie się bazą PDB. 60
Ćwiczenie 8
Testowanie różnych metod i baz do obliczeń geometrii. 62
Ćwiczenie 9
Analiza struktury i trwałości karbokationów metodą ab initio. 63
Ćwiczenie 10
Obliczanie stałych równowag reakcji dysocjacji protonu. 64
Ćwiczenie 11
Moment dipolowy w cząsteczkach. 68
Ćwiczenie 12
Struktura karbokationu w reakcji addycji bromu do trans-2-butenu. 70
Ćwiczenie 13
Produkty reakcji mononitrowania toluenu. 71
Słowo końcowe 72
Opinie
Na razie nie ma opinii o produkcie.